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生物安全柜如果使用不當，其防護作用就可能大大受到影響。

生物安全柜中不需要紫外燈。如果使用紫外燈的話，應該每周進行清潔，以除去可能影響其殺菌效果的灰塵和污垢。

在生物安全柜內所形成的幾乎沒有微生物的環境中，應避免使用明火。

實驗室中要張貼如何處理溢出物的實驗室操作規則，每一位使用實驗室的成員都要閱讀并理解這些規程。

在安裝時以及每隔一定時間以后，應由有資質的專業人員按照生產商的說明對每一臺生物安全柜的運行性能以及完整性進行認證，以檢查其是否符合國家及國際的性能標準。

由于剩余的培養基可能會使微生物生長繁殖，因此在實驗結束時，包括儀器設備在內的生物安全柜里的所有物品都應清除表面污染，并移出安全柜。

生物安全柜在移動以及更換過濾器之前，必須清除污染。

在使用生物安全柜時應穿著個體防護服。

可以在兩種警報器中選擇一種來裝備生物安全柜。